Воздействие антибиотиков в утробе и младенчестве может в дальнейшем привести к необратимой потере регуляторных Т-клеток в толстой кишке у ребенка. Это важный компонент реакции иммунной системы на аллергены. Известно, что антибиотики нарушают микрофлору кишечника, а здоровая микрофлора отвечает за поддержание иммунной защиты, предотвращения воспаления и прочие проблемы.

Однако меньше известно о том, как нарушение микрофлоры, которая производит короткоцепочечные жирные кислоты, регулирующие Т-клетки, влияет на иммунные Т-клетки в толстой кишке. Эксперимент с мышами показал: воздействие антибиотиков на плод и новорожденных мышат через мать приводило к сокращению количества полезных бактерий и к изменениям в иммунной системе новорожденных мышат.